Även om Nordens institut på Åland är en fristående institution så är det Nordiska ministerrådet som styr institutets verksamhet genom att fastställa beviljningsbrev och styrdokument i form av exempelvis ministerrådets vision och olika andra samarbetsprogram. Ministerrådets generalsekreterare fattar organisatoriska beslut om regerverket i institutionshandboken och exempelvis om vem som anställs som direktör. Direktören har sedan den exekutiva makten och det operativa ansvaret för institutet.
Nordiska ministerrådet tillsätter institutets styrelse, genom medlemsländernas regeringar och departement/ministerier. Styrelsen är ett rådgivande organ med uppgift att bevaka och ge råd till verksamheten utifrån ministerrådets prioriteringar. Styrelsens mandatperiod är 3-årig men har med anledning av översynen av Institutionshandboken förlängts med ett år, till och med 2026. I översynen ska frågan om styrelsernas roll belysas.
Tjänsten för löpande ekonomisk administration samt löner och bokföring har köpts in av Företagsbyrån på Åland, som även upprättat bokslutet. Det är en utmaning för en liten institution med bokföringsunderlagen, när det saknas en egen ekonomiansvarig. Det krävs ibland onödigt mycket tid att, för externa parter, behöva förklara institutets verksamhet eller att anpassa kontoplan och affärsområdet till vad dessa egentligen heter och vad de avser. Men det är i alla fall en trygghet att en extern part sköter ekonomin. Det gör hanteringen mer transparent och kontrollen blir enklare vid revisionen.
Utöver ny inventarielista för institutet som behöver upprättas, ska ett nytt kontrollsystem med beställningsböcker tas fram så att alla inköp tydligare kan konteras i förhand mot den som gjort inköpen. Personalhandboken genomgår fortfarande en översyn och kommer att uppdateras. Policydokument och uppförandekoder kommer också att inventeras och ses över så att alla styrdokument är uppdaterade och relevanta. Att detta ligger efter beror på att det ligger hos direktören som på NIPÅ har flera olika funktioner.